A nivel departamental, a las Secretarías de educación les corresponde asumir la prestación del servicio educativo de todos sus municipios no certificados en términos técnicos, administrativos y financieros. En cada una de estas secretarías, las áreas de calidad son las encargadas de apoyar a los establecimientos educativos en el desarrollo de acciones para el fortalecimiento en las áreas de la gestión escolar y, en general, garantizar el mejoramiento continuo de los establecimientos educativos del municipio.